Index

_

__delattr__() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.Theme method) __eq__() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.Theme method) __hash__() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.Theme method) __init__() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.Theme method)

__repr__() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.Theme method) __setattr__() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.Theme method) __weakref__ (macsyfinder.scripts.macsyconfig.Theme attribute) _validator() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig)

A

add_comment() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.ConfigParserWithComments method)

alarm_handler() (in module macsyfinder.scripts.msf) ask() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig)

C

check_bool() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) check_choice() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) check_dir() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) check_exe() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) check_file() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) check_float() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) check_positive_int() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig)

check_str() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) CITATION.yml Cluster ConfigParserWithComments (class in macsyfinder.scripts.macsyconfig) CONTRIBUTING CONTRIBUTORS COPYING COPYRIGHT

D

doc

E

epilog() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig)

L

list_models() (in module macsyfinder.scripts.msf)

M

macsyfinder macsyfinder.scripts.macsyconfig module macsyfinder.scripts.macsydata module macsyfinder.scripts.macsyprofile module macsyfinder.scripts.msf module

main() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) (in module macsyfinder.scripts.msf) Model Model family ModelDefinition module macsyfinder.scripts.macsyconfig macsyfinder.scripts.macsydata macsyfinder.scripts.macsyprofile macsyfinder.scripts.msf

O

outfile_header() (in module macsyfinder.io)

P

parse_args() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) (in module macsyfinder.scripts.msf)

prolog() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) pyproject.toml

R

README.md

S

serialize() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) set_base_options() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) set_general_options() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) set_hmmer_options() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) set_path_options() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig)

set_score_options() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) set_section() (in module macsyfinder.scripts.macsyconfig) setup.py Solution System

T

tests

Theme (class in macsyfinder.scripts.macsyconfig)

U

utils

W

write() (macsyfinder.scripts.macsyconfig.ConfigParserWithComments method)